Tujuan utama kegiatan Baitul Arqam di sekolah, khususnya SMK pelayaran Muhammadiyah, adalah untuk memperkuat ideologi Muhammadiyah, meningkatkan pemahaman keislaman, dan membentuk karakter dan pribadi yang berwawasan keislaman yang mendalam. Kegiatan ini juga bertujuan untuk membangun ukhuwah Islamiyah antar Taruna/Taruni